故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开，这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里，主人公“一山编织者”虽然是男性，但却能够操纵is。因此，他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
