三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市,由此引发了严重的惨剧,而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁(Endymion)的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕,上条当麻(阿部敦 配音)和茵蒂克丝(井口裕香 配音)揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。在东京街头,发现了几具男性尸体,这是一场由“日本种族”引发的重大骚乱。大学生金慕言(华江夏树配音)以为这一切离他很远,直到有一天晚上,他被心爱的女孩袭击,结果发现她是一个以人肉为食的物种。金木有生命危险,通过器官移植手术幸运地活了下来。