21世纪。人类终于实现了与其他智慧生物的接触。但这次相遇并不是一件幸福的事情。从黑社会入侵的怪物使大多数现代武器失效,人类的命运就像风中的蜡烛。但在同样饱受黑社会之苦的精灵环境条约机构的帮助下,人类实现了复活游戏。这就是那个神奇的女孩。
经过一番激战,泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。 在地球上,人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库(storage)”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。 宇宙怪兽到达地球的那一刻,泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了 。