很久很久以前，位于天空中的白色王国和位于地面上的黑色王国在经历循环的同时保持着平衡。但在某个时刻，强大的黑暗之王出现了。黑暗之王在入侵白色王国时，提议结成联盟来镇压敌人巴尔。光明之王爱丽丝相信了信使阿德尔希望“平衡”的话，并结成了联盟。
保宪有阿倍保名、芦屋道满两位高弟，但保宪认为在养女榊面前勤劳的保名将由加茂家继承。另一方面，通往保宪后室的道满得知此事，让家臣恶右卫门暗杀了解读秘书后打算前往皇宫的保宪，夺走了秘传书。而且把罪名推给了保名和榊。被判无罪的榊因过于痛苦而自杀，失去所爱的榊的保名发狂，斩断后室夺回秘传书，为了寻找榊的身影而踏上了流浪之旅。 数日后，到达榊的故乡信太村落的保名，遇到了与榊长得一模一样的妹妹葛叶。得到寄宿榊面貌的葛叶的护理，保名在疯狂的心中也感到幸福,不过，葛的叶也恋慕那样的保名。但是这幸福并不长。 来狩猎白狐的恶右卫门发现了保名，由于白狐被放跑的泄愤，使保名大打出手，结果将葛叶带走了。拯救受伤保名的是被他救出来的白狐。白狐让女儿狐狸变成葛叶，在和泉的森林深处护理保名。狐葛的叶慕名保名，保名也和狐狸的化身不露声色地结成了狐葛的叶子。那时，逃出恶右卫门之手的葛之叶，询问保名来到和泉的森林。在那里与恢复正气的保名相遇的葛之叶疯狂地在保名的胸口哭泣。什么都不知道的保名很吃惊。看到这两人的样子，狐葛的叶，在知道恋爱结束后静静地睡着的自己的孩子的枕边留下了和歌，消失了。 得知一切的保名，悲伤地呼唤着狐葛的叶子。道满、恶右卫门一伙为了夺走保名持有的秘传书，蜂拥而至，却被保名白狐的化身所侵袭。正在此时，接到保名平安被证明的消息，使者从都城赶来了。虽然高高兴兴的葛叶建议保名回都城，但保名却下定了留在森林里的决心，告别了葛叶。
故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
