《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
在繁华城市的夜晚，古董从拥挤的电车里冒出来。血腥屠杀后，古董们带着信乃（桥本爱配音）逃走了，但被后面冷漠残忍的换衣服女孩小叶（水木奈奈配音）斩首。随后，两名年轻女孩和另一群人被“塔”追捕。
小林敏夫饰演的北野洋二出生于北海道，是一个天使般的好人。然而，他来到东京，追求自己的梦想，并坚信周围人的幸福就是我的幸福。在东京复杂的社会中，他被认为是个十足的傻瓜。但他用自己的信念和方法，让每个人都改变了自己的观点。
