Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。 女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。
