在一列从东京开往大阪的特快列车上,坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝,随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母,这也引起了怪盗基德的注意。在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里,伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝,在持续追寻着“黑兔”的踪影,另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上,一场幻想动作剧即将上演。