那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！
武史出狱，日向却和好友塞拉（水野绘梨奈 饰）出走跑到了钱荷岛。与此同时，岛上病毒性感冒流行，黑帮竹下组成员吉田明（宫川大辅 饰）盗取组织的违禁药物当作特效药在岛上兜售，谁知却令自己成为了可怕的丧尸。 丧尸风暴迅速蔓延全岛，而尾随日向而至的宗形一行以及追踪吉田而来的竹下组武斗派头目（木村佑一 饰）等人，在这个最糟糕的时刻来到了这片血腥的修罗场……
