这些女孩被称为“女巫”,自古以来就一直处于攻势之中,利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下,外星军最终撤退,这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳(由富原美里配音)。战争结束后,她回到了家乡扶桑王国,目标是成为一名优秀的医生。这一天,扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi(上田彩配音)前来参观,并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集,开心地开着玩笑,却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
Shinichi被要求解释密码,但在这个过程中,他遇到了一起谋杀事件,留下了犯罪现场疑似天狗袭击的痕迹。在一系列的风波中,新一能否解开密码并揭露真相?