在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
在没有任何迹象的日子里，安藤掌握了“黑色火焰”的能力，其他成员也有自己的长处，比如隐藏的众议院女神赛坚代（山崎遥配音）、掌握自然属性的自然女孩Chlamagawa Hatako（Hayashi配音）和腐败的女大臣高桥隆（Arada Risa配音），可以恢复一切的人文学艺术省顾问老师吉木千东的侄女，她可以自由创造物质和空间（山下启海配音）。但是，如果现实世界中没有邪恶的敌人可以对付呢？所以我们必须自娱自乐。。。这部电影改编自王功泰的轻小说。
