在这个世界中,除了人类和妖怪外,还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统,返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀,因此,一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。故事中的怪物大多来自《百鬼夜行》中的西山石山和《小人物的百个故事》中的竹原春树的怪物画集。表面上看,努良芦生是一名13岁的普通一年级学生,但实际上,他是怪物“滑头鬼”的孙子,拥有怪物四分之一的血统。