《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。
正在此时，她结识了经常在楼顶高喊的龙太郎（永山绚斗 饰）。龙太郎是学校应援部的唯一成员，随着桃子的加入和努力宣传，应援部终于扩充到五个人，桃子更被推为第50代团长。然而这支临时组建的应援部没有任何基础，甚至还间接导致棒球部的失败。正当此时，应援部的老前辈——23代团长柳原源藏（内藤刚志 饰）找到他们，并将他们带往集训基地。经过一连串的魔鬼训练，应援部五人组终于出师，他们开始为了学校内的各类比赛呐喊加油……
