动画时间定在2022年,介于《银翼杀手》和《银翼战士2049》这两部电影之间。美国西海岸发生了一次无法解释的大规模停电,造成了粮食供应危机。全世界都指责停电是由复制品引起的,因此法律禁止复制品的复制。
2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月,其正体仍未判明,人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。
在经历了动荡的明治维新之后,日本迎来了一个新时代。明治政府执政的第十年,东京弥漫着不祥的气氛。善良的实业家武田观六(川川朝日饰演)操纵女医生高鹤慧(仓井优饰演)开发新型鸦片,公开招揽贫困战士,购买周边土地,系统地实现自己的雄心壮志。