十多年前,一只名叫“九尾妖狐”的强大怪物袭击了Kiba Ninja村。当时,第四代火影不惜一切代价,将“九尾妖狐”封印在刚出生的火影忍者身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们把鸣人视为“九尾妖狐”一样的怪物,每个人都与他保持距离。故事发生在一个遥远的未来世界,在那里,地球上存在着一种由宝石形成的珍贵的人类生命形式。自诞生以来,这种生命形式经历了被掠夺的悲惨命运,现在世界上只剩下28人。