在经历了几次波折后,军事特工索尔贝(斋藤智郎配音)利用地球的龙珠将弗利萨带回了地球,而新复活的恶魔国王迅速启动了他的复仇计划。半年后,强大的弗利萨军队降临地球,悟饭(野泽雅子配音)、大魔王比克(久川实夫配音)、克林、天津饭和武田老师站了起来。孙悟空(野泽雅子配音)和贝吉塔(Horikawa Ryuki配音)跟随维斯(森田成一配音)在遥远的宇宙深处接受审判。在危机时刻,入侵地球的消息终于传到了韦斯和比鲁斯的耳朵里,悟空和贝吉塔即将与他们命中注定的敌人进行另一场对抗
内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……