神尾观铃（川上伦子 配音）自小体弱多病，孱弱的身体令她无法去学校上课，只能整日待在家中。然而，观铃却并没有因此而变得郁郁寡欢，因为她相信，自己总有一天会遇见传说中的那个少年。国崎往人（小野大辅 配音）是一位旅行中的人偶师，他一直在寻找母亲所告诉他的“在空中的少女”。当往人遇见观铃之时，他发现，也许观铃正是他想要寻找的那个人。
杰森·伯恩事件引发了连锁反应，Treadstone计划和中央情报局利用药物管制加强特工的做法在报纸上公开，导致背后的人坐立不安。为了防止失去一切的情况，中央情报局高层决定暂停该计划，并将相关特工和科学家从行动中清除。
