元和九年（1623年），德川第二代将军秀忠在江户大奥内暴卒，其死因尚未查明，下任将军继承人的问题旋即便被摆上台面。秀忠生前宠爱幼子忠长（西郷輝彦 饰），京都皇族也对其甚为看好，故而江户多数大臣全力拥护忠长出任第三代将军；另一方面，忠长的兄长家光（松方弘樹 饰）是第三代将军的合法继承人，其背后有老中松平信纲（高橋悦史 饰）等文臣的支持，更有将军剑术师傅——柳生宗炬（萬屋錦之介 饰）及其武士家族充当坚强的武力后盾。 为使家光成功践祚，柳生一族广结同盟，在对手处安插眼线，甚至不惜采取暴力手段达到目的。那个夏天，江户城内外陷入权力斗争以及血雨腥风之中……
七年后，降龙重生为“新降龙”，一座绝对防御的城市。它以惊人的速度进化，成为人类对抗面临灭绝危险的B.R.A.I的最后一座希望堡垒。在命运的带领下，聚集在新降龙、雷昂、柯一、昆凌和道格。塞西尔、凯恩、杰伊和格伦欢迎他们加入国防军。于是，赌上人类生存的特种部队“潘多拉”诞生了。在签订合同时，希望寄托在他们身上--
