在上帝审判官的鼓励下,剑人开启了哀悼上帝的道路。他们的使命是推翻试图改变历史的时代前进的军队,以维护“正确的历史”。我们与卢敖寿吉星、姚延腾十郎、蜻蜓切、和丸国勇等新伙伴一起,加入了在动荡时代对抗时代进军军的战斗。挥舞着剑,剑的光影闪闪发光。剑侠,立即攻击
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
遥远的未来,地球一度变成冰冻星球。幸存的人类移民外太空,建立了繁荣的殖民星球阿瓦隆,并与外星人成立人类银河联盟。与此同时,名为希迪尔斯的异形肆虐繁殖,与联盟展开旷日持久的战争。