全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界(STONE WORLD)里,千空决定要用科学的力量复原整个世界。
2017年,E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进,但遭到帝国军队的围困,面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔(坂本真绫 配音)将旧日本青年组成非正规军W Zero部队,并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线,他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后,W Zero部队的中尉日向瑛斗(入野自由 配音)成功完成任务。 而战争还远远未曾结束,新的阴谋与危机浮出水面……
贵族学校圣阿尔特密斯女子学园,华贵骄傲的大小姐们自视甚高。平民女孩市立花(志田友美 饰)想尽办法进入这所梦寐以求的学府,可是身处其间备受歧视,只有外表冷峻的稻泽花(竹富圣花 饰)愿意出手帮她。