决斗者王国篇 一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。 战斗城市前篇 决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其中。 乃亚篇（动画原创） 战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。 战斗城市后篇 战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。 多玛篇（动画原创） 战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。 海马集团大赛篇（动画原创） 多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。 王之记忆篇 为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。 共有224集。
他被家乡的村民看不起，所以他选择离开中国，独自来到日本发展。他运用了中国武术和跑酷技巧，经过多年的努力，培养出了这支一流的跑酷队。这一次，他被法国制造商选为发言人。他决心回到家乡，向村民们展示自己的成就。RUN-CITY跑酷团队抵达中国，团队的每一位成员都被这里的自然风光迷住了。当地市长热情款待了光荣回家的教练。市长希望为这个小镇做宣传，让当地村民参与拍摄，以利于他的村民，让更多的外国人了解这个地方的风景和风土人情。没想到，教练拒绝了市长的请求，以报复当时村民对他的蔑视。他们两人发生了冲突。。。第二天，在RUN-CITY的拍摄前排练中，一名当地男孩为了躲避敌人的追捕，意外闯入RUN-CITY的拍摄地点，扰乱了他们的排练。男孩的行为让RUN-CITY非常生气。RUN-CITY的队长提议挑战中国武术，让世界知道RUN-CITY跑酷是最好的运动队。广告商对其高度认可，并决定大规模推广，这立即引起了当地人的不满。由于该地区武术盛行，每家每户都积极推荐候选人参加挑战赛。村长挑选了几个技术更好的年轻人接受训练，整个村庄的气氛笼罩在紧张的训练局势中，每个人都想尽快亲眼目睹哪个跑酷或武术更强大。一些投机企业甚至争相积极赞助，热闹非凡！为了不丢脸，武术队的队长不得不面对面。他们开始训练，在训练过程中，一些成员受伤了，但他们仍然坚持训练，这势必会为中国武术挽回面子！比赛前一天，RUN-CITY的几名成员在一个隐蔽的山谷里玩耍，练习他们从未展示过的新技能。一名成员不小心被毒蛇咬伤，所有成员都非常焦虑，但都无法将其救出。得知情况后，中国武术队放开了因比赛形成的对立局面，队长立即带队前去帮助。救援过程非常惊险，但在大家的努力下，RUN-CITY团队成员终于获救。然而，由于村医院缺乏治疗蛇毒的血清，他们请求市医院提供援助。救护车到达山上时，山体滑坡挡住了去路。在紧急情况下，武术队再次撤离，并计划将伤者送往山脚下。RUN-CITY也加入了进来。在这个过程中，两个团队都用他们的独特技能克服了无数的障碍，每一个动作都越来越令人兴奋！队员们终于脱离了危险，比赛正式开始了。RUN-CITY感谢中国武术队的帮助，但比赛仍将竭尽全力！说完，两队人飞奔向前，在这美丽的景色下画出了一道美丽的彩虹！
