地球日历的2110年。成功进入宇宙的人类已经封装了多种资源小行星，认为这与未来和繁荣有关。然而，在外宇宙的桥头堡木星圈，一股自称“泛银河统一帝国”的神秘力量Ulugar袭击了地球，导致地球陷入生存危机。
有了足够的积蓄，她带着行李箱离开了家，开始四处旅行。当她到达海边时，她在一家小店里卖冰沙；当她来到山里时，她帮助果农采摘桃子，并四处工作，攒下了一个又一个一百万。每次她存够钱，她就出发去下一个地方。存钱很容易，但她想要的生活仍然未知。然而，在频繁的工作变动中，玲子也在学习与他人相处。从最初的尴尬、恐慌和警惕，到能够结交朋友和在花店工作，她遇到了一个名叫中岛（森山未来饰演）的大学生，他不断向她借钱。经过长时间的困惑和寻找，她似乎找到了答案
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
