整个故事围绕着莉莉安女子学校的传统展开。作为一名大一新生,主人公福泽由纪遇到了二年级的小笠原优子,在经历了无数障碍后,两人成为了恋爱中的“姐妹”。故事围绕着学生会“山百合社”的朋友和同学展开。E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机,帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内,日本这个国家不复存在,从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地,饱受歧视,心中满是愤懑和不甘。