在《Fate/Zero》中,与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年,韦伯·维尔维特。时光流转,少年继承了君主·埃尔梅罗的称号,以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份,在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——故事发生在一个遥远的未来世界,在那里,地球上存在着一种由宝石形成的珍贵的人类生命形式。自诞生以来,这种生命形式经历了被掠夺的悲惨命运,现在世界上只剩下28人。