电影讲述了高中三年级的篠弓弦，在星期一的早晨跟射箭社的学弟芹生冬至在在校门口相遇了。在女生之间一直超人气的芹生，据说──只要在星期一第一个向他告白，他一定会答应交往，然后到了周末就分手。
4月1日，俊勋（由兰井泰介饰演）在一所私立交叉学校学习，拥有与普通人截然不同的能力。他能看到别人看不到的东西，而众生的奇怪形状让他感到困惑。一次偶然的机会，俊勋踏入了一座既存在又不存在的建筑，遇到了被称为“次元魔女”的石原裕子（星饰演）。
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
