为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
故事从在九州乡下长大的浅葱空豆（广濑铃 饰）与梦想成为音乐家的青年海野音（永濑廉 饰）的命运般的相遇开始。原本以为一辈子都不会再见面的两人却在东京一处开始了合租生活，他们早已坠入爱河，却没有开始恋爱，仿佛处在白天和黑夜之间的暧昧而耀眼的“黄昏时分”。
留着飞机头的东方仗助拥有神秘的“替身”，这让他和他人截然不同。他通过“替身”制止了一场便利店抢劫案，结果反被连续杀人事件的制造者安杰洛——片桐安十郎（山田孝之 饰）盯上。不久后，名叫空条承太郎（伊势谷友介 饰）的男子来到杜王町，东方由此知道了自己的身世。与此同时，名叫虹村形兆（冈田将生 饰）且拥有替身能力的男人露出了他的爪牙，一场大战在所难免…… 本片根据荒木飞吕彦的同名漫画改编。
