另一方面,超自然研究部门的成员在享受平稳的日常生活的同时,正在逐渐准备与巴里家族的排名游戏,以及与一郎等人的学习之旅。这次游学的目的地是京都,那里有不同的神话体系。义成等人对观光充满期待,但一到就卷入了灾难团与居住在古都的怪物之间的纠纷。一郎正在探索新的“可能性”,以保护利亚斯热爱的京都。
一天,一位名为三千里切那(铃木达央 配音)的男子被海浪冲到了沙滩上,失去了重要的记忆的他,只知道自己背负着拯救世界的使命。在岛上,切那邂逅了只在夜晚出门的顽固家里蹲御原凛音(田村由香里 配音)、个性大大咧咧有些男孩子气的枢都夏莲(阿澄佳奈 配音)和拥有着悲惨身世灵感力极强的伽蓝堂纱罗(山村响 配音)。