人类居住的“物质世界”和恶魔居住的“虚空世界”原本是两个互不干涉的维度，但由于恶魔依赖物质，它们会干涉物质世界。因此，人类中存在着一位驱魔师，他能驱走恶魔。魔神（撒旦）的孩子奥村彦隐藏了自己的背景，决定成为一名驱魔师。
在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
奇奇今年13岁。根据魔法世界的规则，魔法女孩在13岁时必须外出练习一年。于是，琪琪带着她的宠物黑猫吉吉踏上了修炼之旅。然而，修炼之旅并没有顺利开始。当奇奇到达海边的一个大城市时，人们并不欢迎她，所有人都忽视了她。幸运的是，奇奇有一颗善良的心。
