但曾担任联合舰队上尉的哈洛克（Kokuri Seon配音）背叛了盖亚的制裁措施，并驾驶他的阿尔卡迪亚，升起了反政府军的旗帜，成为一名逃亡了一百年的通缉犯。联合舰队司令Isola（森川清治配音）指示他的弟弟Yama（三浦春马配音）潜入阿尔卡迪亚号，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领他的船员接近地球，而联合舰队则在太阳系中放置了一张网来阻止他的前进。遥远的祖国，久违的真相，震惊了所有人。。。这部电影改编自詹姆斯·松本的经典科幻漫画。
在一个被彻底探索过的世界里，被称为“深渊”的大洞穴是仅存的秘密领域。这个巨大的垂直洞穴，无底洞，延伸到未知的地方，不仅栖息着各种奇怪的生物，还睡着今天人类无法制造的珍贵遗迹。“深渊”充满了令人难以置信的神秘特征，吸引着人们一个接一个地冒险。
景色唯美的海岸邊，台日混血的麻裡和刻薄疏離的母親相依為命，共同經營著一幢古雅的旅館。某夜，旅館二樓突然傳出女人的尖叫聲，前往查看的麻裡見到了被推下樓梯的狼狽妓女，以及她身後那名衣著體面卻兇惡冷酷的男子
