某日,恭介突然表示要成立一支棒球队伍, 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中,理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会,潜入女生宿舍时被换上女装,一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情, 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中,理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而,这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及,理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语,自此开始——。
2062年,在一个重大的劳动力自动化项目失败后,其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类,地球在20年后被摧毁。一个女孩,皇后,在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
刑事司官员Tomomi sekiji访问了国防军基地以调查这一事件,并与Sugo一起了解了事件的真相。