U.在C.0097年期间，“拉普拉斯事件”的争端结束后，戈达德号这两只独角兽被秘密封存，新义勇残余党的“臂章”也随之解体。就在人类逐渐走出战争阴影之际，失踪两年的独角兽3“凤凰”突然出现了。一具高度腐烂的尸体在位于东京都港区的一间公寓内被发现。经过警方的初步调查，发现死者来自滋贺县，她的死亡事实上是谋杀。根据刑警松户也（狗端俊平饰演）进行的警方调查，发现秋叶的来访完全是为了参观和观看他的学生朋友浅木博美（松岛彩子饰演）的舞台剧。
