在一列从东京开往大阪的特快列车上,坐着一位尊贵而特殊的客人。她是来自欧洲英格拉姆帝国女王莎莉贝丝,随行的还有其年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有一颗欧洲最大的宝石——水晶之母,这也引起了怪盗基德的注意。
1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
可是,监督他飞行的教官不是别人,竟是那个以严格著称的原田典嘉(时任三郎 饰),一想到这一点,铃木就在心里为自己暗暗捏了一把冷汗。 同样不安的还有新人空姐齐藤悦子(绫濑遥 饰),她所要面对的,是同事们望而生畏的乘务长山崎丽子(寺岛忍 饰),各种各样有关于她的传说轮番在悦子的脑海里上演,还未挨骂,悦子就已经感到泪水在眼眶里转动了。不幸的事情还是发生了,问题接踵而至,先是负责售票的木村菜系(田畑智子 饰)发现机票超售,之后,机务人员中村弘树(森冈龙 饰)在检查机体时又在更换零件上耽误的过多的时间。飞机的起飞时间眼看着就要临近,一切真的都没问题吗?