涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。 不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷,如同前来拯救它一般而现身的是,与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”,并要求他们守护涩谷。 绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”,深信着此事活下去的大介,为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但,5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响,而变得四分五裂。 孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们,为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——
日野明幸(由真祖和惠子配音)从小就失去了父母,被叔叔收养。他的悲惨命运给秋雨的肩上戴上了沉重的枷锁。白丽玲高中以其培养完美少女的能力而闻名世界。
在好友风间彻(真柴摩利 配音)的邀请之下,野原新之助(小林由美子 配音)、妮妮(林玉绪 配音)、阿呆(佐藤智惠 配音)和正男(一龙斋贞友 配音)来到了名叫“天下春日部学院”的超级精英学校中进行为期一周的体验入学,风间希望自己能够通过这一周的优秀表现来获得这所学校的入学资格。 在天下春日部学院里,有一套非常严格的评分系统,每个人所佩戴的徽章严格的监视着所有学生的一言一行,如有不慎就会遭到扣分的处罚。在和不求上进只管捣乱的小新大吵了一架之后,风间跑进了矗立在学校内的钟楼里,第二天,风间被发现晕倒在钟楼里,屁股上有一个印记,等他醒来之后,众人震惊的发现,风间变成了笨蛋。就这样,“吸皮皮鬼”的传闻在校园里流传开来。小新一行人决定调查事件的真相,并且找到让风间恢复原样的方法。