三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”，让半个世界被大火烧成焦土，陷入前所未见的惨状。在那之后的30年，当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。
就在他悲观、无法从深深的情感阴影中解脱出来的时候，高中女生周（黄爱伦配音）和他的梦中情人华（玛丽·伊丽莎白·温斯特德配音）同时出现在他面前。斯科特对华一见钟情，但他没有想到的是，他必须击败她的七个邪恶的前男友，才能赢得华的心。在这一点上，安维·亚当斯的回归和纳夫斯·周的混乱进入为这项看似不可能的任务增加了难度。
