为了保护国家不受东京湾出现的未知事物的影响，年轻女孩们在东京、神奈川和千叶的各个防御城市作战。东京由Akira Corporation领导，神奈川由Orange Company领导，千叶由Ferry领导，创造了一个“QUALIDEA”的世界。在几十年前的“未知”入侵中，被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们终于从睡梦中醒来，他们获得了一种新的力量，“世界”，其中的铃鹿泉和宇多良金丝雀也在其中。来自各个城市的代表聚集在一起，在三个城市的定期会议之后，墨西哥湾沿岸的Aqua Line南部水域证实了大规模的未知反应。东京、神奈川和千叶防卫城立即发动进攻。公主在消灭Unknown时意外摧毁了重要设施，修复水线的任务落到了各个城市的代表身上。朱雀等人用自己的努力加快了修复进度。就在水线被修复的时候，一项新的任务出现了。年轻人的世界可以扫描他人的视觉、听觉和主观印象，然后再回放。朱雀等人从目击者的角度看到了未知生物在海里的疑似存在，搜索任务随即开始。在Aqua line海萤火虫前方的海域，看到了一个未知的超巨型，这是一个比之前最大的Terry类更大的新模型。管理层暂时将这种新模式称为利维坦班，明天早上日出时，三所学校将一起作战，这是一场与以前完全不同的战斗。为了证明他们的朱雀提前赶到现场，金丝雀发现后也赶来支援，但敌人这次的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的受伤让朱雀感到非常内疚和自责。来自所有三所学校的代表聚集在一起，开始攻击利维坦级别的未知事物。然而，即使公主的全力出击也丝毫无损。恢复原状的朱雀立即组织人员发动反击，来自全国各地的战斗人员积极加入战斗。从医院醒来的金丝雀得知，战斗结束后，每个人都决心去战场，她的歌声激励了所有人。
作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
