故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
渐渐地，那个模糊的身影被锁定在三个男人身上：包括亲切的学长（松山健一 饰）、善良的同窗（手越佑也 饰）以及美国留学生（安东•尤金 Anton Yelchin 饰）。直美于是开始对这三个男人分别示好，希望从蛛丝马迹中寻找到真爱的讯号。然而，阴错阳差，总是不能如愿，记忆中的影子与现实中的爱侣似乎总是差了一些，难以对接。一次偶然的机会，直美取回了丢失四年的记忆，她这才如梦初醒，赫然发现原来自己真心爱的是他……
