拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。 女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。
拿着哆啦美（千秋 配音）带来的参观券，他们和静香（嘉数由美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）等好友来到22世纪。辉煌庄严的博物馆内，收藏着被称作“秘密道具之父”的哈尔德曼博士以来发明各代道具。在博士的孙子库尔特（三瓶由布子 配音）的引领下，小伙伴们见识了各种熟悉与陌生的神奇道具，体会到前所未有的快乐。而在此期间，怪盗DX的行动仍在继续，谁也不知道他真正的目的…… 本片为朝日电视台开播55周年纪念作品。
高中三年级的夏天过去了，同学们接二连三确定了所要报考的学校。兴趣多多的樱田麻音（仪武佑子 配音）至今没有决定未来的方向，继承父母在大崎下岛经营的旅馆也在她的考虑范畴之内，不过麻音的父亲却宣称不希望将旅馆交给女儿。
