大约三百年前的元禄十五年（1702年），第五代将军网吉实行安民政策，百姓生活平稳。年轻的武士青木宗左卫门（冈田准一饰）为了寻找杀父仇人金泽十兵卫（浅野忠信饰）远离家乡，从信州来到了江户。但他剑术差矣，实际上根本无法完成报仇。
而到了海底，胖虎和小夫却想总想着去幽灵船寻宝，结果遇到了危险，大家也意外发现海底居然也居住着人类。进而发现亚特兰提斯和姆联邦这两个国家争相进行军备竞赛，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。勇敢的少年们能拯救地球吗？ 本片是哆啦A梦剧场版系列的第四部。
天才科学家邪恶宫博士（Bing Benming饰演）在被国家背叛后，充满仇恨和愤怒，组建了邪恶细胞军团∑他命令他的小黄人抓捕并吸走各地政治人物的细胞，以制造一种能够摧毁世界的恐怖武器。
