《时代飞船》系列作品改编自去年播出的《时代飞船24》的世界观，以三个反派为主角。三大反派是指本作中的三个反派，他们通常伪装成世界上最大的教科书出版商“天国社会史”第14期仓库课程的成员。
与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
周防勇斗（酒井广大 配音）是一个普通的中学二年级学生，不久之前，他的母亲过世了，勇斗因此和父亲之间产生了巨大的误会。一次偶然中，勇斗被传送到了名为“攸格多拉西尔”的异世界中，这个世界正处于战乱年代，各族纷争不断，都在争夺着统治者的宝座。
