森崎明日香在校园里遇到一个说着“请帮我找身体”的小女孩。午夜零点,明日香回过神来发现自己和其他关系疏远的5名同班同学置身于学校,被突然出现的“红色的人”杀死,睁眼发现自己又回到了7月5日早晨。
为了防止基德得手,女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表,而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近,快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时,国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来,他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
当初田中搬家到了长崎,此番重逢后不仅将姓改成了马渕,性格似乎也发生巨大的变化。以班级活动为契机,双叶、马渕、马渕的好友小凑亚耶(吉泽亮 饰)、特立独行的高冷女村尾修子(新川优爱 饰)以及因过于可爱而遭到孤立的槙田悠里(藤本泉 饰)聚到了一起。原本他们的情感便彼此交错,而隔壁班的天才帅哥菊池冬马(千叶雄大 饰)、教师田中阳一(小柳友 饰)以及马渕在长崎的旧友成海唯(高畑充希 饰)又让男孩女孩们的关系更为复杂,于是平添了无数的烦恼…… 本片根据漫画家咲坂伊绪的同名原作改编。