21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。故事发生在明治64年的另一个日本,德川庆在那里掌权。该国依靠能源“龙脉”形成了融合江户和科学的独特发展。但在繁荣的背后,反体制组织“蛇”正在酝酿一场革命之火。德川政府任命了秘密组织“鵺“驱逐他。