在亚美斯多利斯期间,爱德华・艾尔利克(朴璐美 饰)和弟弟阿尔方斯(钉宫理恵 饰)遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文(森川智之 饰),结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。
有一天,一种具有攻击性的外星生物突然出现,被称为“Nevoroy”。随着Nevoroy的入侵势头越来越大,女巫们挺身而出。开朗乐观的宫藤义弘(福原美里配音)、强大果敢的坂本美介(千叶静子配音)、无忧无虑的Lynette(Nazuka配音)、自信、骄傲、可爱的Perrini(泽成美雪配音)随时准备牺牲自己的生命,保护自己赖以生存的家园。