《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤,而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误,平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。
2010年,前小学生已经进入大学,太一、阿和等人走上了不同的人生道路(八神太一和石田大和将长大到22岁)。此时此刻,数字宝藏的研究人员Koji(松冈莫约配音)告诉他们,随着“被选中的孩子”长大,数字宝藏也会消失。
这个故事告诉了日本的故事,日本在22世纪已经不复存在,取而代之的是一个被称为“第17东方帝国资本管理区”的地区。人们生活在一个相互信任、生活安逸的理想世界,但一种奇怪而致命的疾病“退化”已经开始肆虐世界。