一天，致力于研究化学中神秘物质X的Kazuki博士与他的助手和儿子Ken一起发现了一种新物质Z。这种物质在东京发射白光和黑光。这道白光击中了三个女孩，Aki Mura、Haodeshi Mura和Matsuhara Mura，她们是初中一年级的学生。结果，三名飞行女警官诞生了！！与此同时，黑光袭击了东京动物园。猴子山上的一只猴子成了飞行女警察的敌人。女警察将如何保卫这座城市
故事发生在虚构的近崎市，那里有一个名为“月光”的间谍组织，由敏捷的女孩组成。每天晚上，女孩们的身影在月影下穿梭在城市的角落，守护着城市和市民的安全。犯罪组织“旺良”一直盯着近崎市，并一再入侵，使他们成为月影最大、最难对付的对手。
