《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容,于2006年10月2日至12月18日在日本播出。故事发生在时空的未来,狗流感的爆发导致市长(野村配音)颁布了一项狗流放法,将城市中的所有狗都安置在一个“垃圾岛”上,并允许它们自己生存,市长的护卫犬点点(Levy Schreiber饰演)首当其冲。