故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。
《来自新世界》改编自桂智友的科幻小说。1000年后，在日本，儿童继续消失，只有想象中的可怕动物与人类进行致命的战争。反乌托邦的未来超级社会“新世界”是一个讲真话的人类可以在“诅咒力量”的帮助下移动物体的世界与智力相当于普通人类的生物共存，被称为“恶魔老鼠”“。乍一看，一切似乎都很平静，但‘新世界’中孩子们的行为被完全控制和约束，不恰当的记忆被抹去，被认为有问题的孩子被当作坏产品单独对待。获得被称为“诅咒力”的特殊能力的人在“八大基本符号”的范围内形成了一个小团体”，无论是在思想上还是在对外界的理解中，记忆、爱情，甚至对生活的控制都被支配着。其中，五个年轻女孩，都早寺、朝比奈、秋月新里也、伊藤守和青沼顺，为了保护日益脆弱的世界和同伴，投入了各种冒险之旅
