一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场,适逢馆主清十郎(平田昭彦 饰)外出,内中徒众一一落败,武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心,几番设计谋害武藏,皆被破解。而另一方面,武藏却与阔别已久的阿通和朱实(冈田茉莉子 饰)不期而遇,刀光剑影中,武藏对爱情作出了断,也完成了和宿敌佐佐木小次郎(鶴田浩二 饰)的初次相逢……
善良的校长重浦清华(由Orikasa Fumiko配音)和幼儿园里可爱的孩子们感动了小久。她决定不再流浪,留在这里帮忙。在幼儿园里,小久结识了孤儿藤本清河(前野友树配音)。虽然清河经常对小九说粗话,但他还是表现出了自己的关心。此外,一些内心受到伤害的人逐渐聚集在小九的周围。在帮助他们的同时,小九的心也逐渐变得坚强起来。
故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上,生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”,以及没有超能力的“无印族”,相比于印族,无印族拥有更长的寿命。