14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。卑鄙的大森正雄(吉田涉也饰演)在服刑后获释。出乎意料的是,他在街角被一名身份不明的人绑架,随后遭到殴打并昏倒。当毛雄再次醒来时,他似乎忘记了自己的名字和过去。