故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续,谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此,但它和我们所住的世界还是没什么区别的。
14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。
在暑假结束後的第一天,一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员,对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶,也乘上了自己的机体,与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外,来到了未来的世界。