市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
色叶旷课逃学，绯闻不断，而且自有恃美貌而目中无人，简直集三次元女生讨人厌的地方于一身。对方迷人的外表令他心慌意乱，虽然讨厌可又着迷。几经周折，色叶向他表白，然而筒井粗鲁地拒绝了。另一天，筒井尾随色叶而行，结果目击到色叶被人冤枉盗窃的场面。关键时刻，筒井挺身而出，帮助女孩化解危机。随后他原本打算就之前的事情道歉，谁知脱口而出竟是“请和我交往”的话语。从这天起，筒井和色叶成为校园中一对受人指指点点的异样情侣…… 本片根据那波麿的同名漫画改编。
在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。
