醒来后，阿丽塔对这个多姿多彩但暴力残酷的世界产生了浓厚的兴趣。在遇到年轻的雨果（基安·约翰逊饰演）后，阿丽塔开始从事一项名为机动球的运动，并在比赛中展现出惊人的格斗天赋。在废铁城居民的头顶上，漂浮着一座巨大的漂浮城市，名叫塞勒姆。他们所有的劳动和努力都是为了给塞勒姆的持续经营提供燃料。在大亨维克多（马赫沙拉·阿里饰演）举办的摩托球比赛中，最终赢得冠军的人可以有资格住在塞勒姆。阿丽塔决定利用自己的格斗天赋参加比赛，但却陷入了一场巨大的阴谋。
由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。 特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。 鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。
